Le plus ancien connu, le cimetière Saint Jean ou « cimetière petit » occupait un emplacement attenant à l'église, côté sud, emplacement aujourd'hui du jardin de la Vierge, débordant sur le Faubourg, portion route et portion occupée par les maisons Artico et Franzetti.
Le deuxième ou « cimetière grand » ou « cimetière neuf » fut ouvert lors de la terrible épidémie de peste des années 1347-1348, Cette épidémie connue sous le nom de Peste Noire entraina une mortalité importante citée dans les archives sous le nom de « Gran Mortalidad ». Ce fut d'abord un vaste charnier, derrière l'église et la Commanderie, côté Nord où les frères hospitaliers enterraient les cadavres dont personne ne voulait s'occuper. Puis le cimetière Saint Jean étant devenu insuffisant, quelques habitants de Pexiora acceptèrent de partager leur dernière demeure avec les pestiférés des épidémies suivantes. On trouve dans les Archives toujours : « le 21 Mars 1593, Dominique Suffre, charpentier, demande à être enseveli au cimetière grand… ». Plus tard, lors d’une visite épiscopale de l'évêque de Saint-Papoul, François Barthélemy de Grammond à « l'église paroissielle St Blaise au lieu de Pechsieura », le 16 juin 1679, il est rapporté :
« Ensuitte de quoy avons visité ledit cimetière au milieu duquel avons trouvé une grande et belle croix de la qualité requise ; n'y ayant point de porte ni serreure, y ayant une grande grille de bois de la largeur et longueur convenable faicte de neuf laquelle n'estait pas encore tout à faict assurée. Nous avons veu que ledit cimettière est fort bien fermé des quatre costez, les bortz bien escarpez et bien teneus, estant fort bien relevé et distingué des autres champs de terres qui sont alentour, ni ayant ny arbres ny passage. »
Aujourd'hui disparu, ce cimetière est planté de cèdres du Liban et portait l’ancien château d'eau de Pexiora. C'est d'ailleurs lors des travaux de creusement des fondations de ce réservoir que furent exhumées en 1948, avec quantité d'ossements, les stèles discoïdales visibles dans le jardin de la Vierge attenant à l'église.
Ce cimetière étant devenu insuffisant en raison « du désordre des sépultures et de sa trop grande proximité des habitations », le conseil municipal demande, le 13 mai 1844, l'autorisation de l'échange du cimetière. Comme il n'est pas possible de l'agrandir, le terrain autour étant « attenant à la maison du sieur Bénazet Jean aîné (actuelle maison Bourguignon) d'un côté, et de l'autre côté à moins de 56 m de la maison des sieurs Paul Bénazet, André Bénazet et Jean Bénazet, tous meuniers et propriétaires du moulin placé à une égale ou moindre distance dudit cimetière ». Aujourd'hui maison Luydlin (anciennement de Mlle Gaillard Marie Rose) ou maison Joulia ? Plutôt la première solution
Comme d'autre part, « Les prétentions du sieur Bénazet Louis, propriétaire de ce terrain contigu au couchant aux moulins à vent du sieur Bénazet Balthazar » (1), le conseil municipal dans sa séance du 19 Mai 1878 (34 ans plus tard) décide d'acheter « un terrain appartenant à Madame Subreville, épouse Brézet Guillaume, anciens marchands de volailles à Pexiora, terrain occupé par un champ situé au levant du cimetière et à 200 m environ de distance ».
Ce sera le troisième cimetière de la commune, cimetière aujourd'hui complet.
Ce troisième cimetière « terminé en 1880, clôturé par un mur haut de 2 m, fermé par un beau portail en fer, embelli par une plantation de cyprès tout autour … il ne manque pour y pouvoir inhumer qu'à le faire bénir ». Ce qui sera fait lorsque la commune y aura élevé « une croix monumentale ». A la lecture des inscriptions portées sur les premiers tombeaux, on relève les dates 1882 et suivantes.
Enfin le quatrième cimetière, attenant au précédent, celui qui est en service aujourd'hui, a été ouvert dans les années 1980-1981.
A remarquer : dans les périodes où la peste cause de terribles ravages en Languedoc, années 1347-1348, 1557 à 1593 (année terrible), 1622 à 1659, Pexiora paraît être mieux protégé : c'est que l'on a dû y prendre des mesures sévères. On sent que le village est encerclé par le fléau, mais aussi qu'il se défend en instituant la quarantaine hors de ses murs. Tous ceux qui décèderont de mort suspecte seront enterrés au début, près de la métairie ou à la Croix du Moine (voir les Croix de Pexiora). Les lépreux y furent aussi relégués. Le « cimetière grand » ouvert lors de la terrible Peste Noire (1347-1348) se trouvait lui aussi en dehors des fortifications, derrière l'église et la Commanderie, la peste effrayant moins les frères hospitaliers que le peuple. Ceux-ci devaient se charger eux-mêmes d'évacuer ces morts encombrants et effrayants et il leur était plus commode de les enterrer à proximité de leur Commanderie.
(1) en 1844, un seul moulin Bénazet, mais en 1878 deux, car entre-temps un deuxième moulin, commencé en 1832, a été mis en service vers 1870.