Situé sur une ancienne voie romaine, l'actuelle D33, entre Bram et Castelnaudary, Pexiora a été, depuis fort longtemps, une importante voie de passage. On a relevé de nombreux sites préhistoriques aux alentours de la Coumaï, de Christol, de la Souque et tout au long de la vallée du Tréboul. Mais Pexiora ne devient une agglomération que vers les années « 1100 ». A cette époque, les seigneurs de Laurac, propriétaires de cette plaine riche en voies de défrichement, la cèdent aux hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem, qui cherchent des gîtes d'étape sur le chemin des croisades. Les seigneurs qui n'avaient pas envie de participer aux croisades pouvaient s'en dispenser en faisant des dons en biens mobiliers et immobiliers. Rapidement, Pexiora, sous l'impulsion des frères et de leurs commandeurs, va devenir une cité importante et riche. Les hospitaliers y installent leur première commanderie du sud de la France ; construisent des moulins à eau, puis à vent, les tous premiers du sud de la France, puis font bâtir à coté de leur commanderie l'imposante église actuelle. Pour se protéger des invasions et des pillards, Pexiora s'entoure de murailles et de fosses, dont il ne reste plus rien aujourd'hui. L'église attenante à la commanderie était à l'extérieur des remparts. Elle était fortifiée et défendue par les hospitaliers. On y accédait par une porte percée dans les murailles, le Pourtanel. Il y avait deux autres portes : la porte d'Autan, côté Bram, et la porte de Cers, côté Castelnaudary.
D'où vient le nom de notre village et que signifient ses armoiries ? Pour les poètes comme Prosper Estieu, nos armoiries représentent une colline, un pech, surmonté d'un arbre à sept branches, qui ne peut être qu'un chêne-liège (suber en latin). Pexiora, qui a été longtemps appelé Puysubran, ne peut que confirmer cette explication. Pour les historiens comme le chanoine Sabarthès, Pexiora viendrait, après de nombreuses transformations trouvées dans les archives des hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem, de deux mots latins : podium superianum (le point le plus élevé). En effet, dans la plaine du Lauragais, entre Bram et Castelnaudary, c'est sur cette colline que se seraient installés et fortifiés les moines chevaliers. Les armoiries actuelles auraient été empruntées à un chevalier, ami du comte de Foix, qui possédait des terres à Pexiora, dont il serait originaire. On cite même son nom dans la chanson de la croisade : « Ramon Arnautz del Pog ».
Dans l'histoire de Pexiora, on peut retenir quelques épisodes significatifs :
- La période cathare, entre 1200 et 1300. Soutenus et protégés par la famille de Laurac, tolérés par les hospitaliers, les cathares circulaient tranquillement à l'ombre de la commanderie. Les stèles discoïdales, rassemblées aujourd'hui dans le petit jardin de l'église et provenant d'un ancien cimetière de Pexiora, sont souvent appelées croix cathares ;
- Le passage du Prince Noir pendant la guerre de Cent Ans. Pexiora a été le seul village de la région à être épargné, ce qui provoque sa richesse à cette époque ;
- Le passage des Huguenots pendant les guerres de religion. Les troupes de l'amiral De Coligny parcourent et saccagent le Lauragais : ils brûlent l'église, dont la nef s'écroule. Ensuite, Pexiora connaît des périodes prospères : cultures des céréales, du pastel aujourd'hui disparu ; commerce de la paille et du fourrage vers les Pays-Bas ; le village voit sa population arriver jusqu'à 1 317 habitants. Puis, peu à peu, l'activité décroît, la population diminue : 1 107 habitants au début de ce siècle, 801 en 1946 ? Environ 700 en 1994.